Het archief van het Mundaneum beslaat zowat 6 kilometer. Het gaat om de persoonlijke papieren van de stichters, Paul Otlet en Henri La Fontaine, evenals collecties van dagbladen, affiches, postkaarten, glasplaten en andere documenten die zij en hun opvolgers verzameld hebben. Daarnaast beheert het Mundaneum drie thematische archieffondsen met betrekking tot pacifisme, anarchisme en feminisme.

Het Mundaneum heeft als doel het redden en bewaren van deze collecties en de bekendmaking ervan door middel van tentoonstellingen, publicaties, colloquia en conferenties.